一般根据上述沙门氏菌肠炎症状，医生会让查大便常规和大便培养，尤其是大便培养是明确诊断的主要检查。
留取大便标本应选取黏液、脓血或稀水部分，一般大便培养结果需要3天以上出结果（至少48~72小时）。注意在用过抗生素后可能会干扰培养结果。
如果高热超过72小时以上者，同时伴有寒战者，这需要注意全身细菌感染的可能（菌血症），则需要进一步查血培养。
沙门氏菌感染如何治疗？
因为大部分为轻到中度症状，非伤寒沙门菌感染的过程类似于很多病毒感染一样，具有自限性（即不经过任何治疗，一般1周左右自行恢复）。所以，我们治疗的主要方面就是补液。
补液——这是沙门氏菌的主要治疗，补充足够的液体，保证不出现脱水状态，如果能够口服就首选口服补充，推荐口服补液液盐溶液补充液体，以及奶等都可以。对于无法口服补充足够液体的患者，可能需要静脉输液。
抗生素——对于健康个体中的症状为轻到中度的2岁（uptodate中建议12月龄内）至50岁免疫功能正常的患者，不推荐常规使用抗微生物药物治疗。
在沙门氏菌感染的荟萃分析研究发现，抗菌药治疗对病程长短、腹泻时间和发热时间均无显著改善。而抗生素治疗同时还会带来一些不良影响，包括：诱导抗生素的耐药产生，以及可能延长沙门氏菌无症状携带状态的时间。
但是，2岁以内的婴儿，50岁以上的老人和免疫低下患者等危险人群则需接受抗微生物药物治疗。
还有如果出现菌血症等细菌扩散到肠道以外其它部分，也需要抗微生物治疗。
抗生素的选择 —无禁忌证的成人和青少年，最适合的药物一般是氟喹诺酮类（如环丙沙星或左氧氟沙星）。氟喹诺酮类药物通常不用于儿童，因为动物研究发现发育中的动物使用该药物后有软骨异常。
儿童可以选择三代头孢（头孢克肟）或阿奇霉素。对于不能耐受口服治疗的病情严重患者，可以静脉注射三代头孢菌素。
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