怀孕时发现幽门螺杆菌感染，如果没有症状，根除治疗建议推迟到分娩后。
如果存在由幽门螺杆菌感染引起的消化性溃疡，主要是抑酸治疗，根治幽门螺杆菌的治疗也应推迟到分娩后。
但如果幽门螺杆菌感染引起严重的恶心、呕吐等症状，根据需要在与患者及家属交待根除的必要性及副作用后，也可以在孕14周后进行针对幽门螺杆菌的治疗，可选择怀孕期间可使用的低危药物，如克拉霉素、阿莫西林等。
在哺乳期，也根据需要选择对婴儿安全的药物，如克拉霉素、阿莫西林，而不建议使用对哺乳期婴儿可能不安全的药物，如铋剂，甲硝唑和左氧氟沙星。
